| 大肠杆菌 | 酵母细胞 | 昆虫细胞 | 哺乳动物细胞 |
| 原核 | 真核 | 真核 | 真核 |
| 经济快速 产量高 放大过程简单 应用广泛 | 经济快速 中高产量 大部分蛋白可正常折叠 存在翻译后修饰 | 可溶性表达 存在翻译后修饰 基因容量大 适合具有一定毒性蛋白表达 | 可溶性表达 天然翻译后修饰 更好的蛋白活性及功能 更低的内毒素水平 |
| 可能存在包涵体表达 无翻译后修饰 部分蛋白可溶性表达困难 蛋白可能无活性 | 非人源性糖基化 胞外分泌表达 高N-糖基化修饰 | 周期长 成本昂贵 缺少部分糖基化 | 周期长 成本昂贵 |
| 细菌类、抗原类蛋白 无需翻译后修饰蛋白 细胞因子 酶类 | 细胞因子 小分子量蛋白 分泌类蛋白 酶类 | 细胞浆表达蛋白 毒性蛋白 跨膜蛋白 酶类 | 重组抗体 分泌性蛋白 跨膜蛋白 抗体片段 |